Durante la Guerra Fría, Carl Zeiss sufrió el mismo destino que toda Alemania; tuvo una separación Este-Oeste. Tras la Segunda Guerra Mundial, Turingia fue ocupada inicialmente por las tropas estadounidenses. Cuando los norteamericanos se retiraron a su región acordada diplomáticamente, se llevaron con ellos a los 84 ejecutivos e investigadores que fundaron el "Optische Werke Oberkochen” (Taller de Óptica de Oberkohen) en 1946, que más tarde se convertiría en Carl Zeiss. Después de la nacionalización de 1948, la fábrica del Este pasó a conocerse como VEB Carl Zeiss Jena.
En apenas unos años, ambas compañías se convirtieron en líderes de tecnología óptica en sus respectivos sistemas económicos. Esto se debió, inicialmente, a la cooperación productiva entre las dos: Jena proporcionaba documentos sobre productos antiguos, mientras Oberkochen les ofrecía bocetos de los nuevos desarrollos. En algunos países, las dos compañías llegaron a utilizar canales de venta comunes, hasta que el Gobierno de la Alemania Oriental prohibió toda cooperación, a comienzos de 1953.
Han pasado 20 años desde que los cambios políticos permitieron la reunificación, no sólo de Alemania, sino de las dos compañías. En 1990, las familias Zeiss separadas anunciaron su intención de converger bajo una sola Fundación Carl Zeiss. Carl Zeiss asumió el control sobre el núcleo del negocio de precisión mecánica-óptica con Carl Zeiss Jena GmbH. Pese a las enormes dificultades, este proceso de unificación fue un rotundo éxito. Desde entonces, sólo ha habido un Carl Zeiss, no sólo en Alemania, sino en todo el mundo.
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